晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取...

　　少年牧真人（山时聪真 配音）的母亲葬身火海后，他随父亲牧胜一（木村拓哉 配音）与继母夏子（木村佳乃 配音）组成新家庭。深陷悲伤的真人阴郁孤僻，难以融入新环境。一次意外，他跟随一只会说话的苍鹭（菅田将晖 配音）闯入废弃的神秘塔楼，却不料进入了奇幻的“亡灵世界”，开始了一场不可思议的冒险……　　影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名小说，但电影故事由宫崎骏原创。...

故事讲述孤独的高中生四月一日是个能看得见妖怪、吸引妖怪血统的青年。梦想希望抹去自己能力，过着正常人生活的他，某日被一只蝴蝶吸引，踏入了不思议的空间「ミセ」，并遇上了妖艳美丽的女主人侑子。　　「我可以实现你任何愿望，但你也要付出相对的劳力作为代价。」　　为了实现心愿，四月一日开始在「ミセ」工作，任凭侑子差遣。最后，在与同学百目鬼、九轩葵的关系日渐加深的同时，他们也遇上麻烦的人，并卷入超乎想像的大事件...