四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……...

故事背景设定在1950年代，阿德莱恩·鲁道夫饰演超自然现象研究与防御局 (BPRD) 的一名菜鸟特工，她与地狱男爵联手保护阿巴拉契亚居民免受恐怖的扭曲人的侵害，而扭曲人在为恶魔收集灵魂。传说地狱男爵还是婴儿时就被BPRD创始人 Trevor "Broom" Bruttenholm教授发现，并被培养来保护人类免受比他更不开明的怪物的侵害。...